Співпраця між науковими установами України та Угорщини здійснювалася на підставі положень Угоди між Урядом України і Урядом Угорської Республіки про співробітництво в області науки і технологій, а також Спільної українсько-угорської Комісії з питань науково-технологічного співробітництва, сьоме засідання якої відбулося в м. Києві 10-11 лютого 2009 р.

Серед пріоритетних напрямів двосторонньої співпраці у сфері науки і технологій є: фундаментальні дослідження з низки актуальних проблем природничих, соціальних та гуманітарних наук; новітні технології енергозбереження у галузі промисловості, зокрема металургії; охорона довкілля та питання сталого розвитку; новітні технології діагностики і лікування найбільш поширених і складних захворювань; технології вирощування та захисту сільськогосподарських культур, мікробіологія; інформаційні технології.

У 2010 році поновлено План наукового співробітництва між Національною Академією Наук України та Угорською Академією Наук на 2010-2012 рр.

У 2019 році було продовжено співробітництво між Національною академією аграрних наук України та Угорською академією наук у сфері біотехнологій та рослинництва в рамках угоди «Про науково - технічне співробітництво», зокрема у напрямах селекції кукурудзи, соняшнику та сої.

Сторонами опрацьовується питання проведення восьмого засідання Спільної українсько-угорської Комісії з питань науково-технічного співробітництва у 2020 році в м. Будапешт.